Adapun ketentuan yang diatur dalam SE tersebut adalah:
- Tunjangan kinerja dibayar terhitung mula bulan November 2015;
- Pajak penghasilan atas Tunjangan Kinerja dibebankan pada Anggaran Pendapatan dan Belaja Negara pada tahun anggaran bersangkutan;
- Pegawai kemenag yang diangkat sebagai jabatan fungsional dan mendapatkan tunjangan profesi, maka tunjangan kinerja dibayarkan sebesar selisih antara Tunjangan Kinerja pada kelas jabatannya dengan Tunjangan Profesi pada jenjangnya;
- Jika tunjangan profesi yang diterima lebih besar dari tunjangan kinerja pada kelas jabatannya, maka yang dibayarkan adalah Tunjangan Profesi pada jenjangnya.